Репресії щодо колишніх службовців Китайсько-Східної залізниці (КВЖД) почались ще восени 1935 року (після фактичної її передачі Японії), що було пов’язано з кампанію «викриття шпигунів на залізничному транспорті».
У липні 1937 розпочались репресії, спрямовані на ліквідацію шпигунсько-диверсійних мереж у СРСР, начебто організованих іноземними розвідками, у тому числі японської, яка, ймовірно, могла використовувати, зокрема, евакуацію радянських громадян з КВЖД для вербування агентури. 10 липня 1937 року газета «Правда» опублікувала статтю, в якій викривала японських шпигунів та диверсантів, що маскувались під радянських громадян, котрі виїхали з Маньчжурії до СРСР та начебто, після продажу КВЖД, мали проводити у СРСР «шпигунсько-диверсійну роботу». У середині 1937 року органи НКВС репресували 4,5 тисячі т.зв. «харбінців».
19 вересня 1937 року Політбюро ЦК ВКП(б) своїм рішенням № П53/107 затвердило проект закритого листа НКВС та наказу щодо заходів «У зв’язку з терористичною диверсійною та шпигунською діяльністю японської агентури з числа так званих харбінців».
20 вересня 1937 року вийшов оперативний наказ НКВС СРСР № 00593. У ньому йшлося про осіб, що повернулись з Китаю та яких необхідно репресувати у рамках «ліквідації диверсійно-шпигунських і терористичних кадрів харбінців на транспорті та промисловості». У наказі перераховувались 13 категорій «харбінців», які підлягали арешту, а також черговість арештів. Усі заарештовані поділялись, як і в наказі № 00447, на дві категорії: 1-а категорія розстріл —«харбінці», викриті у диверсійно-шпигунській діяльності; 2-а категорія — менш активні, які підлягають ув’язненню до тюрем і таборів строком від 8 до 10 років. Передбачалось репресувати 25 тис. осіб. Список заарештованих, віднесених до 1-ї та 2-ї категорій, мав направлятися на затвердження Наркому внутрішніх справ СРСР та Прокурору СРСР («московська двійка»). Відповідно до наказу зазначена операція повинна була розпочатися з 1-го жовтня і закінчитися до 25 грудня 1937 року. Дія наказу декілька разів продовжувалась. Також у наказі стверджувалось, що «харбінці, які виїхали до СРСР у переважній більшості складаються з колишніх білих офіцерів, поліцейських, жандармів, учасників різноманітних емігрантських шпигунсько-фашистських організацій і т. п.»
До харбінського наказу додавався супроводжувальний лист, подібний за змістом до супроводжувального листа по «польській операції». На кількох десятках сторінок змальовувалась нереалістична картина діяльності японської розвідки на території СРСР за допомогою т.зв. «харбінців».