Директива НКВД СРСР щодо проведення операції по «афганській лінії» від 16 лютого 1938 р. передбачала арешт політемігрантів, старост афганських колоній, керівників «релігійних сект», реемігрантів та усіх осіб, пов’язаних з афганськими дипломатичними закладами. Основні арешти проведено у Туркменській та Узбецькій РСР. За «афганською лінією» у СРСР засудили 1557 осіб, з яких розстріляли – 366 осіб.
Масові репресії проти представників афганської національної меншини мали свої особливості. Ця операція розглядалась сталінським керівництвом як засіб політичного тиску з метою посилення впливу СРСР на прикордонні держави. У кінці 1937 р. органами НКВС у Туркменії, одночасно з арештами керівників партії та радянських органів влади була розкрита «шпигунська націоналістична організація», представники якої мали в Афганістані зв’язки з повстанськими кадрами з колишніх басмачів та емігрантськими колами. Секретар ЦК КП(б) Туркменії Анна-Мухамедов повідомляв Й. Сталіну, що велику роль у насадженні «шпигунсько-диверсійної агентури» та організації повстанського руху відігравало афганське консульство у Мерве. Відтак, він просив заарештувати усіх афганців, включаючи консула та його секретаря у Мерве. Й. Сталін погодився, і ЦК ВКП(б) дозволив арешт усіх афганських підданих. Питання щодо афганського консула вирішили у дипломатичному порядку».